Fakultas Agama Islam Merupakan perubahan bentuk kelembagaan dari Institut Agama Islam Nurul Jadid (IAINJ) yang disebabkan karena ketiga perguruan tinggi yang ada di bawah Yayasan Nurul Jadid sudah digabung menjadi satu menjadi Universitas Nurul Jadid. Awal berdirinya Fakultas Agama Islam tidak terlepas dari dorongan ulama dan ummat Islam yang simpatik terhadap majunya pendidikan di pondok pesantrenpondok pesantren. Mereka menginginkan agar lembaga pendidikan di pondok pesantren tidak hanya sampai pada tingkat dasar dan menengah saja, tetapi juga perguruan tinggi sebagai kelanjutan dari pendidikan menengah. Adanya pendidikan tinggi diharapkan dapat mengantarkan kualitas berfikir ummat Islam ke arah yang lebih terarah.
Dengan semakin majunya perkembangan sains dan teknologi, khususnya di era informasi, ummat Islam dituntut untuk berbenah diri dalam segala bidang, khususnya di bidang pendidikan dan dakwah, dalam rangka menanamkan mental relegius dalam hati ummat Islam sehingga benar-benar terjiwai dan terhayati, sebagai upaya menciptakan masyarakat adil dan makmur.
Atas dasar itulah, muncul suatu pemikiran ulama dan tokoh masyarakat di kalangan nahdliyyin untuk mengadakan up-grading dakwah dan pendidikan agama yang direncanakan secara periodik. Setelah gagasan itu ditawarkan kepada para ulama dan tokoh masyarakat, muncul pikiran baru agar up-grading itu ditingkatkan menjadi lembaga formal yang permanen dan sistematis, yaitu lembaga pendidikan ‘akademi.’
Kemudian dibentuklah panitia persiapan pendidikan Akademi Dakwah dan Ilmu Pendidikan Nahdlatul Ulama (ADIPNU) yang bertugas mempersiapkan segala sesuatunya dalam pendirian akademi tersebut. Pada tanggal 20 Juli 1968 berkumpullah para ulama di Lumajang Jawa Timur. Dalam musyawarah tersebut diambil keputusan sekaligus disahkan berdirinya ADIPNU di bawah pengawasan Nahdlatul Ulama (NU) Wilayah Jawa Timur. Tentang pelaksanaan kegiatan akademisnya, sepenuhnya dipercayakan kepada Yayasan Nurul Jadid Paiton Probolinggo Jawa Timur, sebagai pengelola dan ditunjuk sebagai Dekan adalah KH. Zaini Mun’im.
Pada 1 September 1968, disahkan pembukaan ADIPNU secara resmi oleh ketua PBNU, DR. KH. Idham Kholid bersamaan dengan Mubes NU se-Jawa Timur di Pondok Pesantren Nurul Jadid. Aktifitas perkuliahan baru dimulai pada tahun 1969 dengan jumlah mahasiswa 70 orang. Pada tahun berikutnya (1970) ADIPNU telah terdaftar pada pemerintah Cq. Departemen Agama RI dengan SK. DIRPERTA Nomor : Dd/1/PTA3/92/26/70.
Oleh karena lembaga yang berbentuk akademi tidak berhak memberikan title (gelar) kesarjanaan dan oleh sebab itu lulusannya tidak dapat melanjutkan ke tingkat doktoral, maka atas saran Rektor IAIN Sunan Ampel Surabaya selaku Ketua Koordinatorat Perguruan Tinggi Agama Islam Swasta (Kopertais) wilayah IV, sejak tanggal 12 Juni 1971, ADIPNU berubah menjadi Perguruan Tinggi Ilmu Dakwah (PTID) Nurul Jadid yang para lulusannya dapat melanjutkan ke tingkat doktoral. Ternyata lulusannya banyak yang melanjutkan ke IAIN Sunan Ampel Surabaya untuk menyelesaikan pendidikan kesarjanaannya.
Dalam rangka memenuhi harapan masyarakat, pimpinan Pondok Pesantren Nurul Jadid terus berupaya meningkatkan mutu pendidikan tinggi. Alhamdulillah, pada tanggal 9 Desember 1982 dibukalah Sekolah Tinggi Ilmu Syari’ah (STIS) Nurul Jadid dan ditunjuk sebagai dekan KH. M. Faqih Zawawi, SH. (1982 – 1987), kemudian Drs. KH. A. Malthuf Siraj, M.Ag. (1987 - 1990).
Berdasarkan latar belakang yang sama dengan dibukanya Sekolah Tinggi Ilmu Syari’ah (STIS), maka tanggal 21 Juli 1986 rapat pengurus Yayasan Nurul Jadid memutuskan untuk membuka Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah (STIT) Nurul Jadid, Program S1, dan jabatan Dekan dipercayakan kepada Drs. KH. Abd. Wahid Zaini, SH.
Dengan adanya sekolah tinggi tersebut, maka sudah terpenuhi persyaratan untuk dibukanya Institut. Karena itu kemudian dibukalah Institut Agama Islam Nurul Jadid (IAINJ) dengan memiliki 3 (tiga) Fakultas yakni Fakultas Dakwah, Fakultas Syariah dan Fakultas Tarbiyah.
Pada perkembangan selanjutnya, setelah Yayasan Nurul Jadid berhasil menyatukan tiga perguruan tinggi menjadi Universitas, maka nama Institut Agama Islam Nurul Jadid berubah menjadi Fakultas Agama Islam dengan 12 (dua belas) Program Studi pada Program Sarjana dan 2 Program Studi Magister.